Платежи принимаются в 142 банкоматах Санкт-Петербурга и в 115 банкоматах банка в 11 городах России. Комиссия по этим операциям не взимается. Совместно с компанией "ВымпелКом" сотрудниками банка была разработана специальная схема взаимодействия с получателями платежей, которая обеспечивает перечисление денег на счет абонента за несколько минут. Кроме того, она позволяет принимать платежи от всех абонентов "Би Лайн GSM" независимо от региона подключения. C ноября 2003 года Балтийский Банк принимает платежи в адрес оператора сотовой связи "МегаФон". За последние три месяца в банкоматной сети банка было осуществлено более 44 тысяч операций. B дальнейшем банк планирует ввести прием платежей за коммунальные услуги и услуги связи через банкоматы наличными средствами.