EPAM и Институт биоинформатики провели первый в Санкт-Петербурге хакатон BioHack

В течение 48 часов 24 команды решали прикладные задачи от МФТИ, Научно-исследовательского института биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича», Медико-генетического научного центра, Института белка РАН, ФНКЦ физико-химической медицины, компаний iBINOM и Genotek и других работающих в сфере биоинформатики научных центров, лабораторий и независимых институтов. Первое место и главный приз в 100 000 рублей получила команда проекта «Анализ демографической истории по геномным данным», в состав которой входили магистранты Санкт-Петербургского Академического университета РАН.

Основная цель проведения BioHack – объединить талантливых, инициативных и амбициозных профессионалов и энтузиастов в области биоинформатики для развития перспективных идей и ИТ-решений для биологии и современной медицины. Партнером мероприятия стал Университет ИТМО, на площадке которого собрались 100 лучших участников, прошедших конкурсный отбор. В состав каждой команды вошли как биологи, так и программисты.

Сервис для анализа данных по болезни Альцгеймера, мобильное приложение для знакомства с основами биоинформатики, предсказание сайтов посадки транскрипционных факторов в геноме, создание программного обеспечения для определения перинатального риска, интерактивный анализ большого объема данных RNA-seq, микросервисы в облаке для биоинформатики - выбирать задачи для реализации из почти 40 вынесенных на хакатон тем каждый из участников мог по своему вкусу и компетенциями. Призерами BioHack стали команды проектов «Исследование связанных состояний молекул воды в интерфейсах биомакромолекул» и «Горизонтальный перенос генов бактериофагами в метагеномах». Первое место жюри присудило проекту, в рамках которого предлагалось с помощью анализа генома животного реконструировать демографическую историю его вида – события и их последствия, которые сформировали геном именно таким, каким его можно наблюдать сейчас.

Михаил Альперович, руководитель направления биоинформатики, EPAM:

Для EPAM особенно важны инициативы, стимулирующие развитие биоинформатики, поскольку это одна из тех областей, где объединение научных знаний и потенциала информационных технологий способно принести колоссальные результаты для сотен миллионов людей по всему миру. BioHack позволяет молодым талантливым специалистам и студентам проявить себя и найти решения для задач, которые завтра, вполне возможно, изменят наше представление о медицине или биотехнологиях. Вместе с тем это именно тот формат, который способствует развитию отраслевого профессионального сообщества в Санкт-Петербурге. Совместно с Институтом биоинформатики мы планируем сделать BioHack ежегодным и уже в следующем году значительно расширить состав его участников.

Николай Вяххи, основатель и директор, Институт биоинформатики:

Мы уже не первый год проводим образовательные мероприятия в области биоинформатики и испробовали множество форматов: годовые курсы, летние школы, интенсивы и семинары, онлайн-программы и т.п. Хакатон уникален прежде всего тем, что позволяет юным программистам, математикам, биологам и будущим медикам познакомиться с биоинформатикой в коротком и интенсивном режиме, который способствует междисциплинарному общению и взаимодействию. Опыт первого хакатона показал, что такой формат идеально подходит для студентов, готовых работать ночи напролет. Благодаря компании EPAM участие для них в мероприятии бесплатно, а это позволяет нам отбирать самых мотивированных и перспективных участников, повышая тем самым качество выполняемых проектов.