По итогам проверки инспекции Федеральной налоговой службы РФ МТС получило налоговые претензии за 2005-2006 годы на сумму 1,13 миллиарда рублей, включая 144 миллиона рублей штрафов и пеней. Основная часть претензий к МТС связана с межоператорскими расчетами.
В сентябре 2006 года МТС были предъявлены налоговые претензии по результатам выездной проверки за 2003-2004 годы на сумму более 1,2 млрд руб., включая 308 млн руб. штрафов и пеней. 19 февраля 2007 года Арбитражный суд вынес решение в пользу МТС.